发生于1992年到1995年的波黑战争，是生活在这片土地上的穆斯林、塞尔维亚和克罗地亚这三个主要民族为了国家未来走向，争夺土地而爆发的血腥内战。可以说这是一场没有赢家的战争，波黑430多万人口中有27.8万人死亡，200多万人沦为难民；全国85%以上的经济设施遭到破坏，整个国家打成一片焦土。要说真是有谁获得了好处，那就是以美国为首的北约打击了南联盟，扩大了在巴尔干半岛的影响力。
1991年6月起由强人铁托一手打造的前南斯拉夫开始解体，波黑作为前南斯拉夫的6个加盟共和国之一对于是否独立的问题在国内引发冲突。其中信奉伊斯兰教的穆斯林族主张脱离前南斯拉夫独立，建立中央集权国家；信奉罗马天主教的克罗地亚族主张脱离前南斯拉夫独立，建立邦联制国家；信奉东正教的塞尔维亚族坚决反对独立，最终冲突加剧波黑战争爆发。
在战争初期穆族、塞族、克族先抢占本民族聚居区域，然后开始互相攻伐三方混战，到1993年底占波黑人口31.4%的塞族控制全国约70%的领土，占波黑人口17.3%的克族控制约20%的领土，而占波黑人口43.7%的穆族只控制约10%的领土。这个时候以美国为首的北约出于自身利益考虑，开始大规模介入波黑战争，先是撮合处于弱势的克族、穆族联手，然后进行大规模经济、军事援助，最后北约对塞族武装展开大规模空袭，最终局势逆转塞族武装不得不低头认输。
在美、俄、英、法、德五国主导斡旋下，1995年11月21日南联盟下属的塞尔维亚、波黑、克罗地亚三国总统在美国俄亥俄州代顿市达成《波黑和平框架协议》。协议规定，波黑继续作为统一国家存在，由穆克联邦和塞族共和国两个实体组成，穆克联邦控制波黑领土51%，塞族控制49%。
波黑战争中塞、穆、克三族都出尽全力，付出惨重代价，因为民族矛盾、宗教矛盾、争夺土地等等原因，三族之间的战争伤亡、屠杀结下了血海深仇。时至今日波黑境内各民族间都是形同陌路，即使是穆族和克族联手组建的穆克联邦内部也是气氛紧张。
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