《素问》名称，最早见于公元三世纪初期张仲景《伤寒论自序》，他说：勤求古谢，博采众方，撰用《素问》、《九卷》、《八十一难》、《阴阳大论》、《 胎胪药录》，并《平脉辨证》，为《伤寒卒病论》十六卷。从此以后直到现在，一千七百年来这一名称都没有改变。为什么要叫《素问》呢？宋代林亿等人的《新校正语》说：所以名《素问》之义，全元起有说:‘素者本也，问者，黄帝问岐伯也。方陈性情之源，五行之本，故曰《素问》。’元起虽有此解，义未甚明，按《乾凿度》云：夫有形生于无形，故有太易，有太初，有太始，有太素。太易者，未见气也。太初者，气之始也。太始者，形之始也。太素者，质之始也。气形质具，而苛瘵由是萌生。故帝问此太素质之始也。《素问》之名，义或由此。(《黄帝内经素问·卷第一》)
其意是说具备气形质的人体，有生以来，便不免有种种疾病发生的问题，故以问答以发明之，因此，《素问》之义，实质以问答形式讲述人体生理病理的问题。
《灵枢》共有三名，早期名称叫《九卷》，东汉张仲景在《伤寒论·自序》中云九卷。晋代王叔和《脉经·卷七病不可刺证第十二》引文下注云：出《九卷》。这段引文在今本《灵枢经·逆顺第五十五》可以找到，足证《九卷》即《灵枢》。
晋代，皇甫谧撰《甲乙经》时，曾取材于《针经》，而收集在《甲乙经》中的许多文字，与今天所见《灵枢经》相同，可以证明《针经》即《灵枢》。在他《甲乙经·自序》中说：按《七略》、《艺文志》、《黄帝内经》十八卷，今有《针经》九卷，《素问》九卷，二九十八卷，即《内经》也。今《灵枢》第一篇《九针十二原》即有先立针经一语，说明《针经》这一名称的存在是较早的。
到了唐代王冰才开始叫《灵枢》，在《黄帝内经》序中说：班固 《汉书·艺文志》曰:‘黄帝内经十八卷。’《素问》即其经之九卷也，兼《灵枢》九卷，乃其数焉。注文中也大量地引用了《灵枢经》的原文，这是《灵枢》书名最早名称。在注文中，有时同样的一句引语，在这篇称《灵枢经》曰；在另一篇又称《针经》曰。例如:《素问·三部九候论第二十》中最后一段文中的血病身有痛者，治其经络。下面注《针经》曰。于是新校正云：详此注引《针经》曰，与《三部九候论》而引之，在彼云《灵枢》，在此曰《针经》，则王氏之意，指《灵枢》为《针经》也。按今《素问》注中引《针经》者多《灵枢》之文，但以《灵枢》今不至，故未得尽知也。《灵枢》名称的演变，大略如此。
至其命名之义，因其书仅有九卷，故称之曰九卷。书中的主要内容，是研究针刺的问题，故又称之曰《针经》。至于为什么要叫《灵枢》呢？马莳的解释是：《灵枢》者，正以枢为门户，阖碎所系，而灵乃至神至元之称，此书之切，何以异是。(《灵枢注证发微·卷首》) 张介宾解释说：神灵之枢要，是谓《灵枢》。(《类经类经至义》) 张马二注的解释，读之令人不得其要会。然《灵枢》又名《针经》而其主要内容阐述经络理论和针法。粗略地统计一下，全书八十篇专论中，与此有关内容，占五分之四左右。因此它的命名可能从针法方面来考虑的，其本来的取义是：灵 指人体内的所谓"真灵之气。古代医家认为，是它促成整个机体的运转，使各个器官组织相互联系，发挥功能。枢 是气在体内运行的枢机规律，必须掌握了气之枢机，针刺方可见效，故曰《灵枢》。
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