这个问题就像在问：为什么动物吃肉、吃草，而不吃土？道理是一样的。生命以负熵为食，需要从环境中获取能量，生物体内的一切循环的根源都是能量的循环，而物质可以通过氧化分解释放能量，例如木柴与氧气，在一定的温度条件下会释放出大量光和热及二氧化碳。动植物体内的呼吸作用实际上也是在完成这个过程，为生物体提供维持生命体征所需要的能量，然后排出废料。
氮气是一种惰性气体，这点从自然界氮化物含量较少就可以看出，要驱使氮气反应是需要吸收能量的，这与生命的本质相违背，因此氮气不可能作为呼吸作用的燃料。
这个问题并非质疑达尔文的好案列，因为它放在哪都适用，例如如果神创论是正确的，为什么神创造的动物呼吸氧气，而不是氮气呢？你问女娲，她也懵圈。
自然选择的本意为最适者生存，适者一方面是竞争压力，另一方面是环境压力。而环境指代地球的气候、温度、大气成分等等，它们的本质有地球上的物理变化，化学变化等等，这是地球的底层逻辑。适者要在底层规则的基础上演化，而不是在逾越大自然的基本法则的基础之上演化。
呼吸只是表象
氧气进去，二氧化碳出来这只是呼吸作用的表象，实际上氧气经过呼吸系统进入到血液循环中，血液把氧气输送到全身细胞中，氧气真正要做的事情是参与细胞内释放能量的反应，为身体供能，这个过程我们称为细胞呼吸。
细胞呼吸大致可以分为三个步骤，葡萄糖通过和释放少量能量，生成大量还原性氢（NADH还原性辅酶），和阶段氧气并没有参与，阶段有点类似于糖发酵的过程，这两个阶段实质为生成携带大量能量的还原性氢。
在最后一个阶段，还原性氢与氧气反应生成水，并释放大量能量。这是一个氧化分解的结果，等量的葡萄糖在氧气中直接燃烧，获得的能量是一致的。生物体内的反应更为温和，并逐步分解。这套氧气参与的生物发动机的转化效率极高，达到40%，剩下的以热能散失掉，而人类制造的发动机，哪怕是德国的，转化效率最高也就25%。
因此，在有氧的地球上，生物选择有氧呼吸本身就是适者的最佳选择。不过，还有一种情况，我们要考虑——地球诞生时并没有氧气，生命如何诞生？
生命源于能量
地球诞生至今46亿年，直到大约24亿年前地球上才出现游离的氧气。在此之前的大约十亿年中，蓝藻（蓝细菌）出现并开始进行光合作用，这个过程产生的氧气是副产物。
这些氧气并没有在飘逸到大气之中，而是与硅反应生成硅酸盐，或者与铁生成氧化铁或铁锈，经过了长达十亿年的消耗，最终系统饱和，氧气过剩，开始自由地在大气中积累。然而氧气对于当时生存在地球上的厌氧生物来说都是有毒的，它导致了第一次大灭绝——大气氧化事件。
在不断上升的氧气水平带来的巨大压力下，生命进化出了不同的生存策略。其中真核生物演化出多细胞生命，并改变化学合成的代谢途径来使用氧气。这个代谢途径上面我们已经了解到了，但是要清楚无氧生命的起源，我们需要了解有氧呼吸的本质，这其实是一个物理过程。
图：ATP合成酶发电机扇叶结构
上述反应中有一个东西叫做ATP，它是一种化学分子，你可以简单理解为对能量进行闪存，ATP随时可以舍去自己的一部分形成ADP，也就是能量被用掉，闪存清空。而葡萄糖是一个机械硬盘，存储着大量能量，当它进入身体，实际上就是把自己的能量传递给ADP，形成ATP的过程。
这个传递过程需要通过ATP合成酶，它就像一个发电机至于线粒体膜中，当氢离子通过这个发电机就会把ADP转化成ATP，而通过之后的氢离子又被氧气消耗掉，从而不断的维持氢离子浓度差，使这个发电机不断的运转，这个过程极为复杂，这里只是简单的描述。
生命起源之初，氧气不存在，但在海底火山口会不断喷出大量化学物质，例如硫化物。这是纯天然的氢离子浓度差，而且只要地球内部岩浆流动，氢离子就会源源不断喷涌而出，再向大海扩散出去，而泉口的浓度总是最高的。现在的海底热泉口附近这种生命方式仍然存在，这就是生命的起源之地。
呼吸作用的本质并非我们需要氧气或者氮气，而是身体细胞线粒体中需要活跃物质进来带动能量传输，从大气的成分中看，氧气是最优的选择，因此适者生存。
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